Bio-OS开发者模式是为生信开发者提供了一个云上的IDE开发环境，支持在开发者模式中进行WDL的开发和调试，同时也能在IDE环境中运行自己的python或者R代码，同时开发者模式还具备协同合作和可扩展的工具集

1. 协同合作和共享：支持多人协同编辑和学习，可以在线演示或在实训中与学生进行实时交流和批阅，研究人员也可以更方便地在项目上中协作，加强团队合作。

2. 可扩展的工具集：平台通过可扩展的开发和分析工具集，实现对不同科研场景的支持。用户可以根据自己的工作流程选择适合的工具，也可以自由定制环境布局，贴合自己的使用习惯。

开发者模式启动

开发者模式启动有2个入口，分别是当鼠标悬浮到workspace时可以点击【启动开发者模式】，同时进入到Workspace也可以点击【开发者模式】

当您首次启动开发者模式时，平台会为您分配一个默认2C 4G的计算资源，您可以后续在开发者模式设置中进行修改，修改会在您下次启动时生效

开发者模式设置

开发者模式的设置必须在关闭当前Workspace开发者模式后方可进行设置，设置更新后会在下次启动时按最新配置进行启动，如果当前Workspace的开发者模式在使用中，则无法进入设置。

1. 点击进入Workspace

2. 点击【开发者模式】

3. 点击【开发者模式设置】，在设置中可以针对计算规格，存储规格，以及自动终止时长，设置完成后点击【更新环境】

开发者模式代码运行

开发者模式中默认会安装 python3.11.9, 以及R 4.3环境，当前开发者模式中通过shell执行的pip或者R包的安装不会进行持久化（数据会持久化），如果需要持久化包的安装请查看【开发者模式安装包持久化】章节
开发者模式中可以通过点击【运行】按钮执行某个文件的命令

通过修改.ide文件可以执行不同的代码文件, 如果您需要运行 xxx.py，可使用如下代码将.ide文件内容进行替换

# 运行R文件hello.r
#run = "R -e 'source(\"hello.r\")'"

# 运行python文件hello.py
 run = "python3 xxx.py"

# 配置R语言lsp
[languages.r.languageServer]
start = "R --quiet -e 'languageserver::run()'"

# 配置python语言lsp
[languages.python.languageServer]
start = "pylsp"

开发者模式安装包持久化

在 WebIDE 中，我们使用到了 nixpkgs 这个软件包来安装和提供运行环境。如果需要将安装包持久化，在下次启动时包含该安装包，目前需要通过修改 .ide.nix文件来自定义运行环境。

1. 在文件中点击右侧更多，点击【显示隐藏文件】

2. 点击 .ide.nix 文件

3. 打开网页 https://search.nixos.org/packages ，输入想要安装的软件包名称。比如安装一个python的numpy包和R的gpolts包。

把包添加到.ide.nix中

开发者模式插件

工作流管理

工作流管理插件是用于和Workspace工作流进行同步及更新，你可以在开发者模式中从头开始一个WDL的开发并将其更新到工作流中，也可以将Workspace的工作流中的某个工作流文件下载到开发者模式存储中。

1. 在工具中选择【工作流】

2. 工作流中列表会展示当前Workspace的所有工作流，你可以点击【复制到文件】将工作流中的wdl文件复制到左侧文件目录中，并进行修改。如果您创建了新的wdl文件，可以在这里选择【导入工作流】

3. 导入工作流时，需要选择在开发者模式所挂载的存储盘中的WDL文件，并需要选择主文件作为入口，导入过程中会针对WDL进行校验，导入成功后会在列表中进行显示。

4. 如果您对开发者模式中的WDL进行了编辑和修改，则可以点击更新，会将修改后的WDL文件更新到Workspace非开发者模式下的工作流中。

Shell工具

1. 使用shell进入tools目录，运行womtools

java -jar ./womtool validate xxx.wdl

2. 使用shell打开vim

vim

3. 在shell中通过pip安装软件

pip install xxx

4. 在shell中安装R包，shell中输入R,进入R语言终端。

install.packages("xxx")

Desktop

Desktop插件可以支持您启动一个云桌面，您可以选择不同规格启动云桌面，并在云桌面中安装自定义的软件