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Notebook迁移至交互分析实例指南
最近更新时间:2025.02.11 16:41:30首次发布时间:2025.02.11 16:41:30
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背景

交互分析实例是对原有Notebook功能的整体重构和升级,本指南目的是指引用户将原有的notebook迁移到交互分析中,notebook功能将不再迭代并于25年下架。Notebook和交互分析实例的区别如下:

交互分析实例Notebook
IDE类型Jupyterlab、Rstudio、VScodeJupyterlab
镜像版本jupyterlab 4.0.0、Rstudio 4.3.3、python 3.10、R 4.3Jupyterlab3.0Python3.7 、 R4.1
Ssh远程访问
协同方式不同用户可以访问同一个交互分析实例,不支持编辑同一个文件不同用户访问不同Notebook实例,不支持编辑同一个文件
存储类型1. 云硬盘(20G~300G)2. 支持挂载两个已关联存储1. 云硬盘(20G~300G)2. 仅支持挂载当前workspace默认存储
终止方式自定义实例时长无操作后3小时回收
安装依赖包后是否持久化否(默认存储在镜像位置),需要保存镜像来保存依赖是(默认存储在云硬盘)

交互分析实例介绍
交互分析IES(Interactive Execution Service)实例是Bio-OS提供的为生信开发者量身打造的,集成了JupyterLab、Rstudio、VScode多种云端开发环境,提供代码编写、调试及运行的沉浸式体验。


Notebook迁移至交互分析实例

1. 创建交互分析实例

  1. 点击【交互分析】-【创建实例】

  2. 在设置中要在【挂载配置】添加【当前workspace存储】,挂载路径可以用默认的workspace桶,如果原先notebook代码里用到了 tos_data 目录,这里建议把挂载路径设置为 tos_data(Notebook之前会默认把挂载的workspace桶设置为tos_data,交互分析可以自由设置)

  3. 计算规格建议跟原先的notebook规格保持一致,如原来是4 Core,8GB,交互分析实例也可以使用相同规格



2.迁移ipynb文件

Notebook本身会将notebook列表页的文件都保存到【数据】-当前workspace存储的-notebook文件目录下,如果交互分析实例按上一步已经挂载了当前workspace存储,并设置挂载路径为tos_data,则原先的notebook的ipynb文件都会保存在tos_data/notebook目录下,无需再做迁移。

对于其他没有在Notebook列表页的文件都可以通过对象存储来传递到交互分析实例中。


3.迁移数据

如果在Notebook实例中,原先的数据是保存在notebook的tos_data目录(即当前workspace桶的存储)下,则数据无需迁移,如果是在tos_data目录之外,则仍然需要通过tos_data来实现数据的传递。
如下图所示,将data目录移动到tos_data目录下,完成Notebook的云硬盘数据迁移到workspace存储桶的过程

  1. 如果文件不大,可以直接如下所示,拖拽目标文件夹到tos_data目录下,如果文件较大,建议逐步拖动,且复制过程中不要关闭Notebook实例


4.还原Notebook的镜像

完成了notebook ipynb文件以及数据的迁移之后,就需要还原在notebook中的一些已安装的依赖,目前notebook的基础镜像和交互分析实例的基础镜像不一致,无法通用(notebook原先强依赖jupyterhub,而新的交互分析实例基础镜像包含了juypterlab、Rstudio以及VScode),因此需要在notebook的ipynb中将一些软件安装代码进行重新执行。
在交互分析实例中完成了软件依赖的安装之后,建议保存成自己的镜像,以便后续持续使用。