交互分析实例是对原有Notebook功能的整体重构和升级,本指南目的是指引用户将原有的notebook迁移到交互分析中,notebook功能将不再迭代并于25年下架。Notebook和交互分析实例的区别如下:
交互分析实例 | Notebook | |
---|---|---|
IDE类型 | Jupyterlab、Rstudio、VScode | Jupyterlab |
镜像版本 | jupyterlab 4.0.0、Rstudio 4.3.3、python 3.10、R 4.3 | Jupyterlab3.0Python3.7 、 R4.1 |
Ssh远程访问 | 是 | 否 |
协同方式 | 不同用户可以访问同一个交互分析实例,不支持编辑同一个文件 | 不同用户访问不同Notebook实例,不支持编辑同一个文件 |
存储类型 | 1. 云硬盘(20G~300G)2. 支持挂载两个已关联存储 | 1. 云硬盘(20G~300G)2. 仅支持挂载当前workspace默认存储 |
终止方式 | 自定义实例时长 | 无操作后3小时回收 |
安装依赖包后是否持久化 | 否(默认存储在镜像位置),需要保存镜像来保存依赖 | 是(默认存储在云硬盘) |
交互分析实例介绍
交互分析IES(Interactive Execution Service)实例是Bio-OS提供的为生信开发者量身打造的,集成了JupyterLab、Rstudio、VScode多种云端开发环境,提供代码编写、调试及运行的沉浸式体验。
点击【交互分析】-【创建实例】
在设置中要在【挂载配置】添加【当前workspace存储】,挂载路径可以用默认的workspace桶,如果原先notebook代码里用到了 tos_data 目录,这里建议把挂载路径设置为 tos_data(Notebook之前会默认把挂载的workspace桶设置为tos_data,交互分析可以自由设置)
计算规格建议跟原先的notebook规格保持一致,如原来是4 Core,8GB,交互分析实例也可以使用相同规格
Notebook本身会将notebook列表页的文件都保存到【数据】-当前workspace存储的-notebook文件目录下,如果交互分析实例按上一步已经挂载了当前workspace存储,并设置挂载路径为tos_data,则原先的notebook的ipynb文件都会保存在tos_data/notebook目录下,无需再做迁移。
对于其他没有在Notebook列表页的文件都可以通过对象存储来传递到交互分析实例中。
如果在Notebook实例中,原先的数据是保存在notebook的tos_data目录(即当前workspace桶的存储)下,则数据无需迁移,如果是在tos_data目录之外,则仍然需要通过tos_data来实现数据的传递。
如下图所示,将data目录移动到tos_data目录下,完成Notebook的云硬盘数据迁移到workspace存储桶的过程
完成了notebook ipynb文件以及数据的迁移之后,就需要还原在notebook中的一些已安装的依赖,目前notebook的基础镜像和交互分析实例的基础镜像不一致,无法通用(notebook原先强依赖jupyterhub,而新的交互分析实例基础镜像包含了juypterlab、Rstudio以及VScode),因此需要在notebook的ipynb中将一些软件安装代码进行重新执行。
在交互分析实例中完成了软件依赖的安装之后,建议保存成自己的镜像,以便后续持续使用。